医疗废水中含有较高的有机物、SS、COD、氨氮、BOD5等污染物，其中水质PH值呈现中性且达到相关排放标准，因此不需要调节PH值。B/C比值可生化性大。 还含有大量的细菌、病毒、寄生虫等对人体有毒有害物质，成分比较复杂。
污水经格栅去除大的悬浮物后进入调节池，在调节池内对水质水量进行调节。调节池内的污水经提升泵进入厌氧池中，在厌氧菌环境下，聚磷菌释放磷，并吸收低级脂肪酸等易降解的有机物，出水及好氧池内回流的污水一同进入缺氧池进行反硝化反应，反硝化细菌将硝酸盐通过反硝化作用，转化成氮气，达到脱氮目的。出水自流至好氧池中，在好氧池中，好氧菌通过硝化细菌将入流中的氨氮及有机氨氮转化成硝酸盐，同时聚磷菌过量的吸收磷，磷以过剩污泥的形式去除，在此过程大量的有机污染物被去除，氧化池出水经过重力自流进入沉淀池，经过膜的过滤沉淀作用去除大部分污染物，悬浮物和浊度接近于零，出水进入消毒池中通过次氯酸钠消毒后细菌和病毒被大幅去除，达标即可排放。

厌氧池、沉淀池的剩余污泥排入污泥池浓缩后经板框压泥机脱水后，泥饼定期外运处理。